穆德（David Duchovny 大衛•杜楚尼 飾）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉蓮•安德森 飾）亦同時發現自己懷有身孕。 穆德的辦公室被搜查，斯科莉請求Skinner（Mitch Pileggi 飾）幫助尋找搭檔，孤槍俠也參與進來。 FBI高層則派出探員約翰•多格特（Robert Patrick 羅伯特•派特立克 飾）協助調查，但兩個人的初次會面不歡而散。                                                                      　　調查局發現穆德的單位密碼和信用卡在失蹤后的幾天都有使用紀錄，甚至發現了刻有穆德生卒年月的墓碑。 多格特認為穆德假裝失蹤，以便盜取資料獨自調查。 案情愈加撲朔迷離......